С сентября 2017 года в Ейском полипрофильном колледже открыто отделение общего образования. Это стало возможным благодаря лицензированию колледжем программы начального общего образования. 

В связи с этим с нового учебного года МБОУ НОШ № 16 г. Ейска стала структурным подразделением ГБПОУ КК ЕПК. 

История этой школы тесно связана с колледжем. 1 сентября 1993 года в порядке эксперимента на базе Ейского педагогического училища было открыто 2 класса начальной школы. Основная цель создания – база для прохождения педагогической практики студентов. В дальнейшем, школа получила статус Муниципальной бюджетной общеобразовательной организации начальная общеобразовательная школа № 16 города Ейска муниципального образования Ейский район. Располагалась она в здании Ейского педагогического, а позднее – Ейского полипрофильного колледжа. 

Все эти годы коллектив школы тесно сотрудничал с базовым учебным заведением, дух которого сохранили в себе его выпускники, позже ставшие учителями школы № 16: Затона Н.Ю., Задорожная И.А., Холод В.В., Кармазова Л.В., Итким Т. В., Худан К.В. и др. 

Социальное партнерство приносило пользу обоим учебным заведениям. Благодаря взаимодействию, школа внедряла новые технологии обучения, опережая другие образовательные учреждения города по многим показателям. Она всегда неизменно пользовалась авторитетом у родителей обучающихся, неоднократно награждалась знаками родительского признания. 

«Теперь, когда наш колледж стал образовательным комплексом, перед нами открылись новые горизонты. Сегодня мы открываем отделение общего образования и принимаем в свой состав коллектив начальной школы № 16. А завтра мы планируем осуществлять обучение по программам основного общего образования до 9 класса включительно», – с оптимизмом отметила в своем выступлении директор колледжа Виленская Т.Е. на торжественной линейке для учащихся начальных классов 1 сентября.